Modelos de proximidad novedosos para el cribado virtual de conjuntos de datos quimioinformáticos - Rivera Borroto, Oscar Miguel; Hernández Díaz, Yoandy; García de la Vega, José Manuel; Grau Ábalo, Ricardo del Corazón; Marrero Ponce, Yovani (Feijóo, 2012)
La búsqueda de similitud es una prestación importante en los sistemas modernos de gestión de la información química para acceder a la rica información contenida en los enormes repositorios químicos modernos. Básicamente, dadas una representación molecular, una medida de similitud y un algoritmo de búsqueda, la salida de la técnica devuelve una lista ordenada de moléculas del conjunto de datos en orden decreciente de similitud con respecto a la molécula consulta especificada por el usuario. Como consecuencia, los investigadores han puesto su interés en la eficacia de las representaciones y medidas de similitud en estas tareas. Sin embargo, sus estudios se han enfocado predominantemente en representaciones binarias y las medidas de semejanza correspondientes, y poco se ha trabajado en otros tipos de descripción numérica. También se han aplicado técnicas del Aprendizaje Automático en la selección de rasgos, aunque no de forma consistente con el principio de vecindad. Estos precedentes junto a la necesidad de nuevos métodos apropiados para cada contexto químico, constituyen la motivación para este trabajo. El mismo comprende la implementación computacional en el ambiente Java de 21 modelos de proximidad, 9 de los cuales son novedosos en Quimioinformática, proceden del área de la Psicología y están basados en el concepto acuerdo relacional, y otros doce son medidas ya establecidas de la literatura especializada. Posteriormente, las nuevas medidas de similitud fueron comparadas y validadas en la “recuperación temprana” usando nueve conjuntos farmacológicos de la Química Medicinal de interés internacional, representados por descriptores numéricos, seleccionados por Aprendizaje Automático, y un algoritmo de búsqueda eficiente. Los resultados muestran que en tendencia promedia los nuevos modelos se comportan superiormente a los de referencia y que más de la mitad de los mismos se sitúan entre los diez modelos más potentes
Keywords: Métodos Computacionales en el Proceso de Descubrimiento de Fármacos