Useparator: una herramienta para separación de genes en hongos y plantas

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dc.contributor.advisorGrau Ábalo, Ricardo del Corazón
dc.contributor.advisorSánchez Rodríguez, Aminael
dc.contributor.authorPham Anh, Doi
dc.coverage.spatial1016432en_US
dc.date.accessioned2015-11-04T23:21:46Z
dc.date.available2015-11-04T23:21:46Z
dc.date.issued2008-03-04
dc.description.abstractEn este trabajo se describe la implementación de USeparator: un algoritmo basado en un Modelo Oculto de Markov aplicado a la problemática de la separación de secuencias de ADN de plantas y hongos fitopatógenos. USeparator basa su clasificación en la modelación de las diferencias en el uso de codones en ambos organismos. Además introduce un nuevo concepto de penalización de los codones de parada en los segmentos de ADN analizados que permite rechazar los ORF (-del inglés Open Reading Frame) incorrectos. Dicho algoritmo presentó un mejor poder de clasificación al compararlo con otros reportados en la literatura con el mismo fin. Entre estos últimos se encuentran modelos probabilísticos simples y otros basados en Support Vector Machines. Para la implementación del algoritmo se usó el paquete de programación BioJava y otros paquetes propios del lenguaje de programación Java como Hibernate, Hsqldb y otros. El empleo de estas herramientas resulta muy apropiado pues facilita el trabajo con diferentes formatos de secuencias biológicas así como la creación de bases de datos asociadas. Con este trabajo incorporamos una herramienta mejorada que se puede emplear en flujos de trabajo de proyectos de investigación en Biología Molecular, Fitopatología y Bioinformática.en_US
dc.description.sponsorshipFacultad de Matemática, Física y Computación. Departamento Ciencias de la Computaciónen_US
dc.description.statusnon-publisheden_US
dc.identifier.urihttps://dspace.uclv.edu.cu/handle/123456789/2929
dc.language.isoesen_US
dc.publisherUniversidad Central “Marta Abreu” de Las Villasen_US
dc.rightsEste documento es Propiedad Patrimonial de la Universidad Central “Marta Abreu” de Las Villas. Los usuarios podrán hacer uso de esta obra bajo la siguiente licencia: Creative Commons: Atribución-No Comercial-Compartir Igual 4.0 Licenseen_US
dc.subjectUSeparatoren_US
dc.subjectAlgoritmoen_US
dc.subjectModelo Oculto de Markoven_US
dc.subjectORF (Open Reading Frame)en_US
dc.subjectBioJavaen_US
dc.subject.otherHerramienta Computacionalen_US
dc.subject.otherModelos Estadísticosen_US
dc.subject.otherSecuencias de ADNen_US
dc.subject.otherBioinformáticaen_US
dc.subject.otherBiología Molecularen_US
dc.subject.otherFitopatologíaen_US
dc.subject.otherInteligencia Artificialen_US
dc.subject.otherJavaen_US
dc.titleUseparator: una herramienta para separación de genes en hongos y plantasen_US
dc.typeThesisen_US
dc.type.thesisbacheloren_US

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