Uso de métodos estadísticos no paramétricos basados en rangos para estudiar las interacciones de corto alcance entre los aminoácidos de las cadenas polipeptídicas
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Fecha
2008
Autores
Pupo Meriño, Mario
Título de la revista
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Editor
Universidad Central “Marta Abreu” de Las Villas
Resumen
Las interacciones entre posiciones cercanas en las cadenas polipeptídicas de las proteínas participan fundamentalmente en la estabilización de la estructura local de las mismas, y sus características dependen de las propiedades fisicoquímicas de los aminoácidos presentes en dichas posiciones, pero no necesariamente de cuáles son estos aminoácidos en particular. Los estudios de asociación entre sitios en la cadena pueden brindar información sobre las características de la interacción entre los mismos. En este trabajo se demuestra la existencia de correlaciones implícitas entre posiciones relativamente cercanas, y que están dadas por los valores de dos escalas, una que depende de la forma y otra de la hidrofobicidad de los aminoácidos. Para esto se usó el coeficiente de correlación de rango de Kendall, calculado usando como variables el valor de cada una de estas escalas para las posiciones a comparar. Adicionalmente se utilizó razonamiento Bayesiano para inferir la ausencia de asociaciones al nivel nominal, de tal forma se demuestra que, de forma plausible, más que estar relacionados los aminoácidos en las posiciones, lo están sus propiedades.
Short range interaction in the polypeptide chain of the protein, takes an important place in the stabilization of their structure, then their characteristics depend not in the amino acids laying those positions but on their physiochemical properties. Chain position association studies can actually bring reliable information of their interaction characteristics. We show in this thesis the existence of implicit correlations between short range positions given two scales, one based on the shape and the other based on the hydrophobicity of the amino acids. Kendall’s rank correlation was used for each scale. In addition Bayesian reasoning was used in order to infer the association absence at nominal level, so amino acids properties rather than themselves relations are finally demonstrated.
Short range interaction in the polypeptide chain of the protein, takes an important place in the stabilization of their structure, then their characteristics depend not in the amino acids laying those positions but on their physiochemical properties. Chain position association studies can actually bring reliable information of their interaction characteristics. We show in this thesis the existence of implicit correlations between short range positions given two scales, one based on the shape and the other based on the hydrophobicity of the amino acids. Kendall’s rank correlation was used for each scale. In addition Bayesian reasoning was used in order to infer the association absence at nominal level, so amino acids properties rather than themselves relations are finally demonstrated.
Descripción
Palabras clave
Métodos Estadísticos no Paramétricos, Rango de Kendall, Interacciones de Corto Alcance, Aminoácidos, Cadenas Polipeptídicas