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Martínez González, Thalia

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    PublicaciónAcceso Abierto
    Metodología para el desarrollo de estudios de Dinámica Molecular en Metaloproteínas
    (Universidad Central "Marta Abreu" de Las Villas, 2022) Martínez González, Thalia
    Las enzimas son generalmente proteínas que pueden presentar tamaños muy variables. Se conoce que más de la tercera parte de las enzimas estudiadas contienen uno o varios metales. La Anhidrasa Carbónica es un ejemplo de una enzima que contiene un ion Zn que forma parte del centro activo dando lugar así a las metaloenzimas. Se han realizado varios estudios de química computacional con el fin de encontrar nuevas herramientas que permitan describir satisfactoriamente las funciones que estas presentan. Mediante este trabajo se desarrolló una metodología que describe un estudio de Dinámica Molecular (MD, Molecular Dynamics), herramienta muy empleada en la Química Computacional, para el estudio del comportamiento conformacional de metaloproteínas de interés, en su sitio activo. A través del programa de alto rendimiento, de código abierto llamado GROMACS (GROningen Machine for Chemical Simulations) y mediante el servidor ConSurf se obtuvo los momentos iniciales de estabilización del sistema y un Alineamiento Múltiple de Secuencia. Estos elementos resultan prueba de conceptos de la viabilidad de la metodología propuesta. Con el apoyo de herramientas de visualización se logró representar elementos estructurales importantes de la metaloproteína, lo cual sustenta la comprensión del estudio