Nueva codificación tridimensional de la estructura química de moléculas orgánicas
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Fecha
2013-07-03
Autores
García Jacas, César Raúl
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Editor
Universidad Central “Marta Abreu” de Las Villas. Facultad de Matemática, Física y Computación. Departamento Ciencias de la Computación
Resumen
El presente trabajo describe nuevos métodos libres de alineamiento, basados en las formas lineal, bilineal,
cuadrática, trilineal y cuatrilineal, utilizando la kth matriz espacial de similitud-disimilitud. También son
discutidos esquemas de generalización para el cálculo de la distancia espacial inter-atómica, mediante el uso
de varias métricas. Por otro lado, son introducidos formalismos de normalización para la matriz espacial de
similitud-disimilitud basados en los esquemas simple estocástico, doble estocástico y de probabilidad mutua.
Además, con el fin de generalizar el uso de la combinación lineal de índices atómicos para alcanzar definiciones
globales, fueron aplicados una serie de operadores de agregación. Análisis de variabilidad basado en
entropía de Shannon, revelan que los índices propuestos tienen mejor comportamiento que los índices calculados
por varios software utilizados en estudios quimio-informáticos. Un análisis de componentes principales
muestra que los índices 3D basados en las formas algebraicas, codifican información estructural ortogonal
a la capturada por los índices del software DRAGON. Finalmente, con el fin de obtener una visión sobre la
contribución de los nuevos índices, fue realizado un estudio QSAR/QSPR para la afinidad de acoplamiento
a la corticosteroide-binding globulin usando la base de datos de esteroides de Cramer. De esta forma se
obtuvieron parámetros estadísticos de comparables a superiores de los índices QuBiLs MIDAS respecto
a establecidas metodologías 3D-QSAR reportadas en la literatura, usando tanto las 31 estructuras como
conjunto de entrenamiento, como dividiendo la data en conjunto de entrenamiento (1-21) y en conjunto de
prueba (22-31).
Descripción
Palabras clave
Métodos, Software, Operaciones de agregaciones, Matriz espacial, QSAR, Moléculas orgánicas, Diseño