Caracterización de secuencias de ADN y proteínas a través del cálculo de los momentos espectrales
Fecha
2012-07-03
Autores
Bouza Pérez, Antonio
Título de la revista
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Editor
Universidad Central “Marta Abreu” de Las Villas
Resumen
La caracterización de secuencias de ADN y proteínas mediante índices topológicos derivados de sus representaciones gráficas es un campo de investigación relativamente nuevo que ha tomado impulso en los últimos años. Sin embargo, existen pocos métodos libres de alineamiento en la Bioinformática que empleen enfoques gráficos para la caracterización matemática de secuencias de ADN y proteínas, así como aplicaciones que utilicen estas técnicas. Los software existentes solo hacen uso de una u otra representación gráfica de estas secuencias y a veces la información relevante aportada por los descriptores moleculares que calculan no es la que verdaderamente resulta de interés para los estudios que se acometen. De ahí que el objetivo de este trabajo es desarrollar un software para el análisis por métodos gráficos de secuencias de genes y proteínas que permita caracterizarlas numéricamente a través de índices topológicos. Los principales resultados obtenidos son: identificación de los principales métodos gráficos empleados en la representación de secuencias de ADN y proteínas; el software ESPECTRO que permite realizar un ciclo cerrado de análisis de las biomoléculas transitando desde cargar los datos en diferentes formatos, graficar las biomoléculas incluyendo varios tipos de representaciones, calcular los momentos espectrales a partir de la representación seleccionada y salvar los resultados para ser utilizados en otros sistemas que permitan realizar predicciones. Las representaciones y consecuentes caracterizaciones logradas con ESPECTRO aportan información útil que cuantifica la esencia de la composición y distribución de las secuencias proteicas que constituyen dominios de adenilación y en la predicción de funciones tipo bacteriocina.
Descripción
Palabras clave
Bioinformática, Métodos, ADN, Software, Secuenciación, Secuenciación de Proteínas, Ácido Desoxirribonucleico, Secuenciación de ADN, Proteins